Лечение в водолечебнице «Черные воды» началось в 1956 году, когда было построено временное здание, как отделение Куйбышевской районной больницы, рассчитанное на 30-35 больных в день, лечение проводилось амбулаторно. Больные, прибывшие на лечение, размещались на квартирах в соседних селах: Голубинка, Новополье, Поляна. Основателем водолечебницы являлся В.Е. Шавгулидзе — главный врач Райздравотдела Куйбышевского района, замечательный организатор и вдохновитель идей развития бальнеолечения, в память о котором на здании бальнеологического отделения больницы установлена в 2006 году мемориальная доска.
В 1957 году по решению Крымского облисполкома, главным врачом Осиповой Т.И., открыта водолечебница на 8 ванн с благоустроенными кабинетами, комнатой отдыха, котельной для нагрева воды. Первоначальный срок лечения предусматривал 30 дней. Курировали больных: врач-терапевт Поспелова Р.И., встретившая первый заезд пациентов, и с 1963 года- молодой врач Джогоненко Елена Сергеевна.
В 1970 году лечебница реконструируется в 2-х этажное здание, строится котельная, главный врач Романов Л.П.
В 1971 году лечебница была преобразована в Областную физиотерапевтическую больницу со стационаром 100 коек.
С именами главных врачей: Киричука Н.П. (1972-1976г.г. ), Лобачевой З.М. (1977-1979 г.г.) связано благоустройство больницы: завершается реконструкция 2-х этажного корпуса, строятся новые каптажи, корпуса №1, №2, № 3, котельная, здание столовой, открываются кабинеты подводного душа-массажа, вихревых 4-х камерных ванн, бассейн для вертикального вытяжения позвоночника.
Коллектив больницы, среди которых: Шавгулидзе В.Е., Вытяганец Ю.П., Джогоненко Е.С., Джогоненко В.И.,Поспелова Р.И., Григорьян В.П., Тарасенко Г.И., Дядюра Г.Н., Савина Е.Я., Громова В.Г., Михальчук В.И., Долгая Н.В., Климчук Л.В., Овчинникова О.Д. оказывают квалифицированную помощь пациентам, создают благоприятную обстановку для пациентов.
Для более полного удовлетворения потребностей населения Крыма в реабилитационной помощи, в 1989 году был введен в эксплуатацию 3-х этажный корпус (главный врач Джогоненко Е.С. 1979-1993 г.г.), что позволило довести коечную мощность до 195 мест. Больница с каждым годом благоустраивалась, реконструировались лечебные здания, расширялись площади бальнеологического, физиотерапевтического отделений, открывались новые кабинеты, улучшалось качество медицинской помощи. Рационализаторские предложения, выдвинутые врачом Джогоненко В.И. по лазеротерапии делали лечение больных более эффективным, применялись в лечебных учреждениях г. Сумы, г. Киева санаторий «Хмельник». Изобретенный им аппарат, для прижигания с двумя источниками для термовоздействия на биологически активные точки и термофитовоздействия, был экспонирован на ВДНХ под названием «Впервые в СССР» в 1982 году.
Знанием дела и добросовестностью отличаются сотрудники: Черных В.М., Столбченко Н.Д.,Кострюкова Л.В, Гафарова И.Ю., Грищенко Н.И., Грищенко Л.М., Гайдукова Т.Л., Татаренко Т.А., Побережная В.В., Квасникова С.В., Грузинова Л.Н., Акмулаева Э.В., Мустафаева Л.З.
В 1993 году лечебница получила статус Республиканской физиотерапевтической больницы со стационаром в 150 коек. Под руководством заслуженного врача АР Крым Самотейкиной Л.В. (1993-2009 г.г.) совершенствуется лечебная база, внедряются новые, современные медицинские технологии, приобретается медоборудование. Введены в действие: галокомплекс, кабинеты озонотерапии, гидроколонотерапии, автоматизированного массажа, бюветы с Моршинской водой. Проводятся капитальные ремонты бальнеологического, физиотерапевтического отделений, замена теплотрассы.
На месте старой котельной, создается новый тренажерный зал (2007 год)., улучшаются условия для пациентов. Вводятся в эксплуатацию 2-х местные палаты, путем реконструкции старых сооружений. Благоустраивается территория больницы, оформлена въездная композиция. Больница аккредитована, как лечебно-профилактическое учреждение высшей категории.
В 2004 году больница признана Лауреатом рейтинга «Лучшее предприятие Украины» в номинации «Медицина и здравоохранение»
В 2005 году наша лечебница награждена «Золотой медалью качества» на IV Международной деловой встрече Мальта: среднеземноморские перспективы.
В 2005 году- признана Лауреатом Всеукраинского рейтинга профессиональных достижений «Лидер Украины»
В 2006 году — Благодарность Совета Министров Крыма.
В 2002 году кандидатом медицинских наук, ассистентом кафедры Украинского университета им. М.В. Богомольца, Нгема М.В. были проведены исследования по эффективности применения лечебных факторов местного бальнеологического курорта «Черные воды», в этапном лечении больных псориазом, экземой, нейродермитом.
В 2004 году сотрудниками Одесского НИИ физиотерапии и курортологии под руководством доктора медицинских наук, профессора Бабова К.Д., старшим научным сотрудником Бусовой В.С., Беличенко Т.А., совместно с врачами здравницы проведена апробация и изучение эффективности наружного применения минеральной воды источника «Аджи-Су».
Сотрудничество с кафедрами физиотерапии, травматологии и ортопедии, кожных болезней КГМУ им. С. И. Георгиевского, с Украинским НИИ курортологии и физиотерапии, помогают совершенствовать методы бальнеолечения и в настоящее время.